Được sự chấp thuận của UBND tỉnh và Sở Giáo dục - Đào tạo tỉnh Long An, sáng 20/7/2012, Ban Trị sự chùa Long Thạnh (huyện Thủ Thừa) và Hội đồng Quản trị Trường phổ thông tư thục tiểu học - phổ thông cơ sở - phổ thông trung học Bồ Đề Phương Duy đã long trọng tổ chức lễ công bố quyết định thành lập trường. Đây là ngôi trường đầu tiên trong cả nước do một tổ chức tôn giáo tham gia quản lý, điều hành được cấp quyết định tuyển sinh và đào tạo chính thức theo hệ thống giáo dục quốc gia.

Trường được xây dựng mới trên diện tích 1.200m2, gồm 9 phòng học, 2 phòng thí nghiệm thực hành, 1 thư viện và bếp ăn, có thể phục vụ cho 100 học sinh được tuyển sinh niên khóa đầu tiên 2012 – 2013. Từ những năm học tiếp theo, nhà trường có thể tuyển sinh ổn định khoảng 120 học sinh cho cả ba cấp, là những em có hoàn cảnh khó khăn, đã bỏ học giữa chừng hoặc có nguy cơ phải bỏ học ở các trường công lập, tư thục khác.

Kinh phí xây dựng nhà trường ước khoảng 3 tỷ đồng và được đóng góp bởi các nhà hảo tâm, mạnh thường quân cùng các phật tử, khách thập phương. Ông Võ Quốc Thắng, Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Đồng Tâm, đã vận động nhiều doanh nghiệp thân hữu cùng tham gia hỗ trợ trường bằng tiền mặt cũng như vật chất, cụ thể là các sản phẩm gạch, ngói thương hiệu Đồng Tâm.